Генератор гипохлорита натрия можно использовать для вторичной очистки воды.

Когда  гипохлорит натрия  при контакте с водой гидролизуется с образованием гипохлорита и гипохлорит-ионов. Среди них гипохлорит обладает сильными окислительными свойствами и способен разрушать белковые и другие ферментные системы бактерий (вирусов), убивая тем самым патогенные микроорганизмы. Непрерывный эффект дезинфекции остаточным хлором, простота в эксплуатации, безопаснее и удобнее, чем жидкий хлор, и дешевле, чем отбеливатель.

По сравнению с дезинфекцией газообразным хлором, гипохлорит натрия имеет меньший риск для безопасности, не представляет опасности утечки для безопасности жизни человека и не производит токсичных или вредных побочных продуктов. Исследования показали, что при дезинфекции гипохлоритом натрия содержание дихлоруксусной кислоты (ДХУК) в заводской воде ниже, чем при дезинфекции жидким хлором, а трихлоруксусная кислота (ТХУК) в основном эквивалентна. Когда для дезинфекции используется гипохлорит натрия, содержание тригалометанов (ТГМ) в заводской воде меньше, чем жидкого хлора, а четыреххлористый углерод (CCl4) практически эквивалентен им обоим. В целом количество побочных продуктов дезинфекции гипохлоритом натрия меньше, чем жидким хлором.